「大塚製薬厚生年金基金」は、代行していた国の厚生年金を国に返還（代行返上）し、平成17年4月1日付で「大塚製薬企業年金基金」となりました。また、平成20年4月と平成25年4月には新しい退職金制度が導入されました。そのため、基金加入者の退職日によって適用される退職金制度が異なっています。